赫图阿拉，清王朝发祥之地。战国属燕。秦属辽东郡。西汉属玄菟郡。东汉至晋，先为公孙度地盘，后为慕容廆所居。南北朝陷于高丽，唐灭高丽，复归内化，为唐安东都护府所辖，中宗时归渤海国。金属属东京路。元为沈阳路。明置建州卫。

    明正统五年（1440），努尔哈赤的五世祖董山与叔父凡察迁此居住，至明万历十年（1582），是建州卫所在地。

    明万历十一年（1583），努尔哈赤袭建州卫都指挥使以来，成为建州卫政治中心。

    明万历十五年（1587），努尔哈赤迁往佛阿拉城，赫图阿拉成为其族人居地。

    明万历三十一年（1603），努尔哈赤复迁此居住，始筑内城，两年后又筑外城环之。

    明万历四十三年（1615），又于“城东阜上建佛寺、玉皇庙、十王殿共七大庙，三年乃成”。

    明万历四十四年（1616）正月初一日，努尔哈赤在此“黄衣称朕”，建立后金政权，赫图阿拉成为后金第一都城。

    后金天命七年（1622）迁都辽阳城。

    后金天聪八年（1634），皇太极尊称为“天眷兴京”。

    康熙二十六年（1687），建兴京城守尉衙门，在内城东。

    乾隆二十八年（1763），建兴京理事通判衙门，在关帝庙西。

    清光绪三年（1877），兴京抚民府由赫图阿拉故城迁往新宾堡。将城守卫衙门改为协领衙门，管理八旗事务。

    1877年至1998年，历经清末、民国、中华人民共和国，皆为新宾县永陵镇辖区，老城村民居住地。

    1956年9月21日，辽宁省人民委员会公布了辽宁省省级文物古迹保护单位。

    1963年9月30日，辽宁省人民委员会公布为第一批省级文物保护单位。

    1998年3月，组建新宾满族自治县赫图阿拉故城文物管理所。

    1999年，新宾满族自治县政府筹资600万元，迁出城内与皇寺居民262户，收归文物部门管辖，成为赫图阿拉故城文物管理所驻地。